Sebagaimana permasalahan bangunan bersejarah pada umumnya, museum Mandala Bhakti memiliki keterbatasan dalam pengadaan pemugaran bangunan. Ancaman kerusakan bangunan yang disebabkan oleh proses alam, yaitu faktor usia, pelapukan, dan atap bocor. Untuk masalah atap yang bocor, pengelola gedung ini memperbaikinya dengan menambal pada bagian yang bocor saja, dan begitu seterusnya jika terjadi bocor kembali.
Pemanfaatan hanya sebagai museum membuat bangunan terlihat sepi.
Di sisi lain, bangunan ini masih memiliki keaslian bentuk bangunan bersejarah, sehingga memiliki potensi yang besar untuk meningkatkan citra pusat kota Semarang.
Berada di kawasan tugu muda maka pemanfaatan dan pelestarian bangunan ini berpengaruh besar terhadap citra pusat kota Semarang