Berdirinya MAN Lasem tidak terlepas dari keberadaan PGA Islam Lasem yang dirintis oleh para tokoh masyarakat Lasem yang terdiri dari para pendidik/guru dan ulama/kyai. Berawal dari adanya pemikiran para tokoh masyarakat bahwa kota Lasem merupakan kota agamis/kota santri tempat menimba ilmu para santri dari berbagai daerah seperti Blora, Pati, Kudus, Jepara, Grobogan, Sragen, Pekalongan, Brebes, Cirebon, Tuban, Lamongan, Bojonegoro dan lain-lain wilayah disekitarnya. Perlulah kiranya didirikan suatu lembaga pendidikan/sekolah Islam yang dapat mendidik seseorang menjadi muslim yang intelek dan bertaqwa serta sanggup memberikan bimbingan sebagai guru agama di masyarakat.

Para guru agama negeri yang berdomisili di kecamatan Lasem diantaranya Bp H. Abdoel Djabar, Bp. A. Dainuri, Bp. Hasyim Mahfudz bermusyawarah dengan para kyai diantaranya KH Mahfudz Cholil, KH Maksum dan KH Makmur, hasil musyawarah sepakat mendirikan lembaga pendidikan di kota Lasem dengan mengucapkan ikrar bersama : ” Marilah kita bersama-sama mendirikan PGA Islam untuk kepentingan umat dengan perasaan ikhlas dan bertanggungjawab. Mudah-mudahan Alloh SWT meridhoi, melimpahkan rahmat, kekuatan dan petunjuk kepada kita

Akhirnya pada tanggal 2 Agustus 1962 berdirilah PGA Islam Lasem meskipun belum memiliki gedung sendiri, untuk sementara masih meminjam gedung SDN Soditan. Tanggal 15 Agustus 1966 mulai menempati gedung sendiri meski sangat sederhana. Pada awal tahun 1968 oleh Kepala Inspeksi Pendidikan Agama Kabupaten Rembang berdasarkan saran dari Dirjen Pendidikan Agama Depag Bapak Mulyadi disarankan agar PGA Islam Lasem untuk diusulkan menjadi sekolah negeri.

Kemudian pada tanggal 14 Mei 1968 keluarlah SK Menteri Agama No 101 tahun 1968 dan PGA Islam Lasem berubah nama menjadi PGA 4 Tahun Lasem. Seiring dengan perkembangannya akhirnya PGA 4 Tahun Lasem mendapatkan bantuan tanah seluas 1,25 hektar dari Bupati Kepala Daerah Tingkat II Rembang ( Bp. Hadi Sanyoto ) yang berlokasi di Jalan Sunan Bonang ( dulu Jalan Tuban ) yang ditempati sekarang ini. Pada tanggal 30 September 1970 dengan SK Menteri Agama No 242 Tahun 1970 PGA 4 ahun Lasem berubah menjadi PGA 6 Tahun Lasem. Karena kebijakan pemerintah yang menutup lembaga pendidikan guru setingkat SLTA ( SPG dan PGA ) maka pada tahun 1991 PGA 6 Tahun Lasem berubah menjadi Madrasah Aliyah Negeri ( MAN ) Lasem sampai sekarang.